Das juristische Ende des Deutschen Reiches im Jahre 1806 und die territoriale Stärkung der "Mittelstaaten" ermöglichten in Verbindung mit der Rheinbundpolitik Napoleons ein Ausbrechen aus der reichseinheitlichen Konkordatspolitik. Das auf politischem Wege geschaffene Großherzogtum Baden war hinsichtlich gerade seiner konfessionellen Struktur problematisch. Die besonders von der französischen Schutzmacht geförderte Bildung von Landesbistümern hätte für Baden die Errichtung eines badischen Landesbistums aus den badischen Teilen der Diözesen Konstanz, Straßburg, Speyer, Worms und Mainz bedeutet.
Im Zuge der staatsrechtlichen Festlegungen des Großherzogtums im Jahre 1807 wurden unter Hintanstellung der Bistumsfrage im ersten Konstitutionsedikt die Grundlagen des Staatskirchenrechts geschaffen, das von einer katholischen Landeskirche ausging und bereits früher fixierte Rechtssetzungen umschrieb: Bei Anerkennung der katholischen Landeskirche als öffentlicher Religionsgesellschaft, ihrer hierarchischen Verfassung, ihrer dogmatisch moralischen und kanonischen Kompetenz, werden die "rechtmäßigen Gegenstände der Kirchengewalt" des Staates genannt, der landesherrliche Patronat geschaffen, die Ernennung aller ständigen Kirchen- und Schulbeamten dem Staat vorbehalten, die kirchenbehördlichen Verordnungen der staatlichen Genehmigung unterstellt und die Verwaltung des Kirchenvermögens überwiegend dem Staat zugewiesen. Der Kirche wurde nur das Recht der Miteinsicht eingeräumt. Letztlich galten die Kirchen der staatlichen Obrigkeit nur als Gesellschaften "zur Beförderung der Moralität" und als Element der staatlichen Integration. Daß damit die Keime der späteren Befreiungsbewegung der katholischen Kirche in Baden gelegt waren, scheint heute nach gründlicher historischen Recherchen erwiesen zu sein.
Der Schaffung einer einheitlichen innerkirchlichen Organisation und der Herstellung der Identität von Staats- und Kirchengebiet galten in der Folge die hauptsächlichen Bemühungen des jungen Staates. Freilich verhinderten die politischen Verhältnisse eine rasche Lösung, da für die katholische Kirche nur der Weg des Konkordates(Vertrag zwischen einem Staat und dem Heiligen Stuhl) gangbar war. Nach dem Wiener Kongreß im Jahre 1815, auf dem keine Regelung der Kirchenfrage für die Territorien des Deutschen Bundes erfolgte, war der Weg von Sonderkonkordaten für die unabhängigen Bundesstaaten frei. Nach vergeblichen Alleingängen der südwestdeutschen Mittelstaaten in der Durchsetzung der kirchenpolitischen Ziele gegenüber dem Vatikan in Rom einigte man sich 1818 in den sogenannten Frankfurter Konferenzen auf Konzept und Taktik in der Kirchenpolitik. Unter Ausklammerung der eigentlich brisanten Fragen, wie das landesherrliche Ernennungsrecht für die Bischöfe und den künftigen Zuweisungen von Geldmitteln für die Bistümer, kam es im wesentlichen nur zur Neuumschreibung der Diözesangrenzen. Die ultimativ der päpstlichen Kurie vorgetragenen Forderungen führten fast zum Abbruch der Verhandlungen mit Rom. Mit dem päpstlichen Erlaß "Provida sollersque" im Jahre 1821 wurden die Diözesangrenzen von fünf Bistümern in Württemberg, Baden, Hessen-Darmstadt, Hessen-Kassel und Nassau festgelegt und zugleich die Bildung der Oberrheinischen Kirchenprovinz mit dem Erzbistum Freiburg als kirchlichen Mittelpunkt in die Wege geleitet. Die Herabsetzung des für die alte Kirchenverfassung symbolträchtigen Erzbistums Mainz sollte auch äußerlich zum endgültigen Zeichen für die Überwindung der Reichskirche werden.
Die vom Karlsruher Hof verfolgte Kirchenpolitik führt
1821 im Großherzogtum Baden auch zur Klärung der protestantischen
Frage im badischen Staat. Als Ergebnis der Überwindung der Konfessionsschranke
zwischen Reformierten und Lutheranern konstituierte sich die "Vereinigte
evangelisch-protestantische Landeskirche". Die Neubesetzung der Bischofsstühle
von Freiburg, Rottenburg, Mainz, Limburg und Fulda läßt die Schwierigkeiten
der neuen und vielfältigen Interessen erkennen. Vor allem wurden die Konturen
des staatskirchlichen Systems erkennbar, da der badische Staat die Bischofskandidaten
auf seine Kirchenpolitik festlegen wollte, die römische Kurie jedoch dann
ihre Zustimmung versagte. Auf dem Hintergrund diplomatischer Vermittlungen,
wodurch die Bischofswahl, bischöfliche Gerichtsbarkeit, Besetzung der Kapitel
und Klerikerausbildung für den Bereich der Oberrheinischen Kirchenprovinz
im römischen Sinne gefaßt wurden, zeichnete sich eine Übereinstimmung
ab, die sich in der Bulle "Ad Dominici gregis custodiam" von 1827
niederschlug. Sichtlichen Ausdruck fand die getroffene Übereinstimmung
für die Erzdiözese Freiburg in der Wahl des damaligen Freiburger Münsterpfarrers
Dr. Bernhard Boll zum ersten Erzbischof. Auch die übrigen Bischofsstühle
der Oberrheinischen Kirchenprovinz konnten in den unmittelbar folgenden Jahren
besetzt werden. Ein neuer Anfang auf dem Weg der Kirche in die Zukunft war gemacht.